In der nächsten WordPress Version wird es die Möglichkeit geben, mittels Hook die Tax Query abzuändern.
Dies bringt Verbesserungen mit sich, da pre_get_posts oft zu spät greift.
Siehe:
http://core.trac.wordpress.org/changeset/25311/
Weiterführende Informationen:
http://core.trac.wordpress.org/browser/trunk/src/wp-includes/query.php
http://codex.wordpress.org/Class_Reference/WP_Query#Taxonomy_Parameters